信使RNAJ是介于DNA和蛋白质之间的转录中间体。研究者提取MRNA以观察基因在特定时间、特定组织中的表达；然后使NRNA溶液流过DNA探针点阵；与探针互补的MRNA「粘附」在点阵上，从而指示哪一种基因在细胞中表达；如果将MRNA用不同的染料标记，有可能在一次实验中直接比较基因在不同组织和细胞中的表达水平。

　　 DNA芯片用于肿瘤的研究是芯片能够提供有用信息的例证之一。通达比较肿瘤细胞和正常细胞的不同表达谱，可发现在肿瘤的发生、发展中起关键作用的基因。即使是同一种类型的肿瘤，基生长速度、对治疗的反应和转移性等方面也存在很大的差异；肿瘤物定的基因表达模式可作为肿瘤分类、预后分析和结治疗反应性的标记，这种基因模式无法用显微镜观察到，但能够通过芯片技术进行分析。